Prof. Dr. Dr. Mathias Löhnert studierte an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, wo er auch seine Facharztausbildung zum Chirurgen begann. Am Kieler Universitätsklinikum wurde durch den Gynäkologen Prof. Semm die laparoskopische Chirurgie entwickelt, was bereits in den achtziger Jahren dazu führte, dass auch die Chirurgie in Kiel diese neue minimal-invasive Behandlungsmethoden einführte. Prof. Löhnert konnte so bereits in seiner Assistenzarztzeit die moderne minimal-invasive Chirurgie erlernen. Dies ermöglichte ihm, mit einem Stipendium der Japanischen Gesellschaft für Chirurgie mehrere Monate an der Kitasato Universität in Sagamihara, Japan als einer der führenden Endoskopiekliniken neue Endoskopietechniken zu erlernen und mit nach Kiel zu bringen. Nach der Ernennung zum Oberarzt in der Universität Kiel leitete er dort die koloproktologische Sprechstunde der Universität.

Im November 2000 wechselte Prof. Dr. Dr. Löhnert nach Bielefeld, wo er die Chefarztposition der Chirurgischen Klinik Rosenhöhe übernahm. Mit der zunehmenden Spezialisierung der Klinik auf minimal-invasive Chirurgie und Koloproktologie unter Prof. Löhnert erfolgte bereits frühzeitig die Zertifizierung der Klinik als Kompetenzzentrum für Koloproktologie und als Kompetenzzentrum für chirurgische Endoskopie durch die Arbeitsgemeinschaften Koloproktologie (CACP) und Chirurgische Endoskopie und Sonographie (CAES) der Deutsche Gesellschaft für Chirurgie. Gleichzeitig erfolgte die Ernennung von Prof. Löhnert zum Ausbildungsleiter für chirurgische Endoskopie.

Im Rahmen seiner wissenschaftlichen Tätigkeit beschäftigt sich Prof. Dr. Dr. Löhnert hauptsächlich mit der Diagnostik und Behandlung von Darm- und Enddarmerkrankungen mit einem besonderen Schwerpunkt auf der Inkontinenztherapie. Die wissenschaftlichen Ergebnisse seiner Forschungsarbeiten mündeten in mehr als 100 Originalarbeiten in wissenschaftlichen Fachzeitschriften und Buchbeiträgen, mehr als 250 wissenschaftlichen Fachvorträgen, Posterausstellungen und wissenschaftlichen Videoproduktionen. Weiterhin hielt Prof. Dr. Dr. Löhnert mehr als 120 Fortbildungsvorträge für Ärzte, Patienten und Selbsthilfegruppen. Auch nach seinem Wechsel nach Bielefeld ist Prof. Dr. Dr. Löhnert weiterhin wissenschaftlich aktiv und leitet unter anderem nationale und internationale Forschungsgruppen zum Thema Inkontinenztherapie.